Pojawia się, gdy w jelicie cienkim zaburzona zostaje prawidłowa absorpcja składników odżywczych zawartych w pożywieniu. Powstaje wskutek wielu chorób, takich jak choroba trzewna, przewlekłe zapalenie trzustki czy nietolerancja laktozy. Inne przyczyny pojawienia się zespołu to niektóre operacje układu trawiennego, infekcje pasożytnicze, predyspozycje genetyczne lub alkoholizm. Aby wspomóc leczenie choroby, należy wprowadzić kilka zmian w codziennej diecie.