Wytworzenie się nieprawidłowego otworu na powierzchni narządu wewnętrznego, czyli jego przedziurawienie, pęknięcie. Jest najczęściej wynikiem niszczenia głębszych warstw narządu przez jakiś proces nowotworowy, bądź zapalny. Przykładem może być perforacja wrzodu żołądka w żołądku powstaje otwarta na zewnątrz rana (otwór), przez który treść pokarmowa przedostaje się do jamy otrzewnej, a w następstwie powstaje zapalenie otrzewnej. Perforacja może być też przypadkowym przedziurawieniem narządu w trakcie zabiegu chirurgicznego, np. podczas łyżeczkowania macicy lub perforacja jelita podczas wykonywania kolonoskopii.