Badanie, które umożliwia obejrzenie wnętrza całego jelita grubego przy użyciu giętkiego endoskopu (kolonoskopu) o grubości palca wskazującego. Głównym celem wykonywania kolonoskopii jest ocena błony śluzowej jelita grubego. Badanie polega na wprowadzeniu kolonoskopu do jelita grubego poprzez bańkę odbytnicy, esicę i okrężnicę zstępującą, poprzecznicę i okrężnicę wstępującą do zastawki krętniczo-kątniczej. Przy użyciu dodatkowych instrumentów, podczas kolonoskopii istnieje możliwość pobrania wycinków śluzówki do badania histopatologicznego i wykonania zabiegów endoskopowych takich jak: usuwanie polipów (polipektomia); tamowanie krwawień z dolnego odcinka przewodu pokarmowego; poszerzenie zwężeń jelitowych (np. po zabiegach operacyjnych); w nieoperacyjnych nowotworach paliatywne zmniejszenie masy guza w celu uzyskania drożności dolnego odcinka przewodu pokarmowego.
Wskazania do wykonania kolonoskopii to: badanie profilaktyczne raka jelita grubego; polipy jelita grubego; krwawienia z dolnego odcinka przewodu pokarmowego; zmiana rytmu wypróżnień (zaparcia, biegunki, ołówkowate stolce); niedokrwistość z niedoboru żelaza; uchyłki jelita grubego; choroby zapalne jelit.