To stan, w którym doszło do nagłego wyłączenia funkcji jelita cienkiego (związanego z chorobą powodującą jego uszkodzenie albo chirurgicznym usunięciem całego jelita lub jego części). Prowadzi do znacznego ograniczenia przyswajania składników odżywczych, co wiąże się z niemożnością prawidłowego funkcjonowania organizmu. Zespół krótkiego jelita prowadzi do ciężkiego upośledzenia wchłaniania składników odżywczych i wody. Wiąże się z wystąpieniem wyniszczających biegunek, w wyniku których wydzielanie i utrata płynów w odpowiedzi na pokarm przewyższa ilość przyjmowaną. Efektem tego jest niedożywienie i wystąpienie zaburzeń wodno-elektrolitowych powodujących skrajne wyniszczenie, a w przypadku braku leczenia prowadzących do śmierci chorego. Trudno dokładnie określić długość jelita cienkiego, które zapewni właściwe wchłanianie jest to zależne od ogólnego stanu zdrowia, choroby podstawowej, wieku chorego, zachowania lub niezachowania jelita grubego, a także stanu anatomicznego i funkcjonalnego pozostawionego odcinka jelita. Na stan chorego duży wpływ ma również to, czy pozostawiono zastawkę krętniczo-kątniczą Bauchina (między jelitem cienkim a grubym), która stanowi naturalną barierę między florą bakteryjną jelita grubego a światłem jelita cienkiego.