Barwa stolca odzwierciedla stan organizmu lub/i spożywane niedawno potrawy. Prawidłowe zabarwienie to kolory od żółtobrązowego po ciemnobrązowy.
Kolor czarny może świadczyć o krwawieniu z górnego odcinka przewodu pokarmowego (przełyk, żołądek, dwunastnica). Pojawia się również w przebiegu leczenia preparatami żelaza, bizmutu oraz węglem. Także niektóre pokarmy mogą barwić stolec na bardzo ciemny kolor (ale nie całkiem czarny), np. wiśnie, jagody, niektóre gatunki czerwonego wina (alkohol upośledza wchłanianie sodu i wody w jelicie cienkim i może wywoływać biegunkę, co w połączeniu z ciemnym zabarwieniem kału może zaniepokoić).
Kolor czerwony powodowany jest przez pojawienie się świeżej krwi w stolcu, co świadczy o krwawieniu z dolnego odcinka przewodu pokarmowego. Ale także buraki w dużej ilości mogą barwić stolec na czerwonawy kolor.
Kolor żółty występuje zwykle w przebiegu biegunek oraz po leczeniu antybiotykami.
Kolor zielony powodowuje żółć, która w normalnych warunkach zmienia barwę stolca na brązową. Jednak w trakcie biegunki stolec może mieć zielony odcień. Podobny efekt występuje przy zaburzeniu równowagi flory bakteryjnej w jelicie (np. po antybiotykoterapii). Zielonkawą barwę mogą także nadać świeże warzywa zawierające dużo zielonego barwnika, np. szpinak lub jarmuż.
Kolor szary lub szarożółty śiadczy o dużej zawartości śluzu i ropy w stolcu. Ewentualnie duża zawartość tłuszczu w stolcu nadaje mu szarawe zabarwienie.
Kolor biały pojawia się zwykle w przypadku stolca powstającego bez udziału żółci. Świadczy to o niedrożności pozawątrobowych dróg żółciowych lub o chorobach wątroby.